皇帝收到张居正的陈情表后，开始对严嵩父子的行径产生怀疑。此时，严世蕃在地方横行霸道、欺压百姓的折子也不断被送至京城。恰逢一位被严世蕃迫害的地方官员逃至京城，在朝堂之上跪地痛哭，血泪控诉严世蕃的恶行，将严世蕃强抢民女、逼死忠良等罪状公之于众，还出示了相关证据。
皇帝震惊之余，开始对严嵩父子展开调查。调查中发现，严世蕃与倭寇勾结，走私军火，谋取暴利；严嵩则在朝堂之上大搞权力交易，将国家要职出卖给奸商，严重危害国家安全。皇帝怒不可遏，下旨将严嵩父子逮捕入狱。
严嵩父子锒铛入狱后，海瑞得知消息，星夜兼程赶回京城。他在朝堂之上，将严嵩父子历年来的罪行一一列举，呈上大量人证物证。皇帝见证据确凿，遂下令将严嵩父子凌迟处死，并抄没其家产。严家府邸被抄，金玉满堂，珠宝如山，彰显了严嵩父子多年的贪婪。严世蕃在狱中，回想自己一生心狠手辣，残害无辜，如今落得身死人手的下场，悔恨不已，却为时已晚。
严嵩父子伏诛的消息传遍全国，百姓们奔走相告，额手称庆。海瑞与张居正等正直官员得以重用，他们同心协力，推行改革，澄清吏治，明朝国势为之振兴。而严嵩父子心狠手辣的故事则成为后世警示为官者的重要案例。
“心狠手辣” 这个成语通过严嵩父子的故事得以流传。它生动地刻画了一个人或集团在行事时毫无同情心、手段狠毒残忍，不择手段地打击对手、谋取利益的丑恶嘴脸。它警示后人，为达目的不择手段，终将遭到历史的唾弃和法律的严惩；而秉持正义、清正廉洁，虽历尽磨难，亦将为后世敬仰。这一成语不仅用于形容古代权奸，也被广泛用于现代社会，告诫人们要坚守道德底线，不可因私欲而伤害他人。